La Alianza por el Agua promueve acciones para la conservación y restauración de los ecosistemas y la biodiversidad acuática. Para realizar esta tarea realiza estudios para evaluar las problemáticas ambientales actuales como la pérdida de biodiversidad, la degradación de los ecosistemas o la contaminación de las aguas. Además, desarrolla estudios y proyectos dirigidos a la restauración de la naturaleza tanto de especies en peligro de extinción como el calápeto, como de los hábitats acuáticos de las islas como zonas húmedas, torrentes y fuentes naturales.